気象庁は16日午後0時40分、北海道から中部・東海地方にかけて最大震度7程度の強い揺れが予想されるとして緊急地震速報の警報を発表しましたが、内容に誤りがあったとして8分後の午後0時48分に取り消しました。一般向けの緊急地震速報（警報）が取り消されたのは初めてです。この影響で東海道新幹線が一時運転を見合わせたほか、青森県青森市で開催中のあおもり国スポの会場でアナウンスが流れるなど各地で影響が出ました。
気象庁によりますと、実際には同日午後0時38分にロシアのカムチャツカ半島付近で深さ約160キロメートル、マグニチュード（M）6.9（速報値）の地震が発生しており、国内で観測された最大震度は北海道函館市の震度1でした。
しかし、速報システムにおいて本来の震源から北東へ約680キロメートル離れた地点を震源地と推定してM9.9と計算した上、本来の震源から南西へ約400キロメートル離れた千島列島上の地点を別の震源として設定し、M9.9に基づいて震度予測の計算が行われました。また、観測点から遠く離れたカムチャツカ半島付近の地震であったにもかかわらず国内用のマグニチュード計算式が適用されたことなども重なり、過大な予測値が算出されたということです。
気象庁は同日午後に記者会見を開き、束田進也地震火山部長と海老田綾貴地震津波監視課長が出席して陳謝しました。システムへの不正アクセスは確認されておらずサイバー攻撃の可能性は否定されています。複数の震源が適用された詳しい理由などについては引き続き調査が行われています。
